O Projeto Desafio é uma atividade que tem como público alvo o primeiro ano da graduação, aplicada ao decorrer do segundo semestre, a qual visa promover a ambientação dos alunos com conteúdos mais práticos do curso, visto que a grade do primeiro ano possui base de cunho teórico nos assuntos relacionados a Engenharia Química. A atividade consiste em dividir os graduandos em equipes, cada qual acompanhado por um PETiano orientador, que devem montar um protótipo de equipamento industrial de escolha da comissão organizadora. Graças a parceria com o Departamento e com os professores que ministram a disciplina em questão, a montagem, apresentação e confecção do relatório relacionando a parte teórica, o processo de montagem e os resultados obtidos com o protótipo, compõem parte da nota na última avaliação. Atualmente a comissão é formada por quatro PETianos.